肌糖原和肝糖原的存在位置不同，肌糖原主要存在于肌肉中，其通過氧化酵解的形式來將葡萄糖轉化為能量。肝糖原主要存在于肝臟中，當機體需要的時候，可以直接分解葡萄糖。其次兩者的產物、功能以及消耗時間不同，肌糖原的產物是乳酸，其可以滿足運動時肌肉所需要的的能量，一般在劇烈運動后即可被消耗掉。肝糖原的產物是葡萄糖，其可以維持血糖濃度處于穩定的狀態，餐后12到18小時才被消耗掉。