甲胎蛋白高考慮是發生肝癌等腫瘤疾病引起的，或是病毒性肝炎、肝硬化等疾病導致的，若甲胎蛋白濃度高于400ng/L，就高度懷疑是發生了肝癌。女性懷孕后也會出現甲胎蛋白一時性增高的表現，這種情況是正常的，可不做特殊處理，一般在產后三周后會逐漸恢復正常。甲胎蛋白高還有可能是胎兒畸形發育導致的，如無腦兒、脊椎裂等。另外，共濟失調、毛細血管擴張癥、先天性酪氨酸病、惡性畸胎瘤、卵巢瘤等疾病也常有甲胎蛋白增高的表現。