扁平疣的最佳治療方法，首先如果癥狀較輕，首選使用藥物進行治療，如維a酸乳膏，或者是水楊酸，能夠促進皮損脫落。其次如果藥物治療無效，并且癥狀嚴重，考慮使用激光、冷凍的方式進行去除。

扁平疣最佳的治療方式需要根據病癥的嚴重程度決定。輕微的建議局部使用剝脫性的、廣譜的抗病毒軟膏進行治療，對于難治，或者是數量較多的扁平疣，建議選擇免疫抑制劑進行全身治療，如干擾素、轉移因子等，對于皮損比較大的扁平疣，可以考慮采取激光或冷凍發熱方式進行治療。