如果女性平時月經規律，停經三十九天可以在B超檢查看見孕囊，但是此時孕囊尺寸較小，一般會在B超上提示暗區。如果女性平時月經不規律，停經三十九天可能不會發現孕囊。

如果平時的月經周期規律，28到30天左右月經來潮，一般停經39天的早孕，B超就可以在宮腔內看到胎囊。如果月經周期不規律，在停經39天的時候可能不會發現胎囊，需要再觀察一周的時間，進行B超復查。這種情況不用太擔心，考慮是月經不規律懷孕時間比較短。需要注意休息，避免勞累，加強營養，可以口服葉酸片，預防神經管畸形。