腎結石軟鏡手術開始時，首先要麻醉患者，減輕患者的疼痛不適感，之后在護士的操作下進行吸痰、膀胱清洗；將手術的部位消毒好后開始手術，在手術開始前需要抽取血液樣本，之后將導管插入患者的身體中，經過細軟管鏡將腎臟部位的結石打碎后取出。

是腎臟有結石需要做，因為結石的大小，個數，是否存在合并輸尿管結石，這些都是造成手術時間，無法判斷，多數會在兩個小時以內，快的可以，一個半小時，或者是一個小時