臨床中耐藥菌可能會發生傳染給健康人的現象，但一般不會導致疾病；因此耐藥菌在被檢測出后需采取一定的隔離措施，耐藥菌多數通過接觸進行傳播，因此要注意手衛生；養成勤洗手的好習慣。

耐藥菌會很少傳染給健康人。但是，當機體免疫力低下、正常菌群失調的病人，接觸到耐藥菌時會發生感染，感染部位通常為血液、尿道、肺部和傷口等。耐藥菌感染多為接觸傳播，通過醫護人員或陪護的手以及衛生醫療用品等傳播治病菌，耐藥菌的產生多為長期不規律使用抗生素引起的細菌耐藥，當機體發生感染時就會造成耐藥菌定植，如果臨床耐三類或三類以上就屬于多重耐藥菌感染。