普通腸鏡檢查，不用麻藥患者的痛苦感比較明顯，但操作過程中患者可以配合，不容易損傷腸粘膜。無痛腸鏡沒有任何痛苦，操作時患者處于睡眠狀態，患者不能配合，如果操作暴露，損傷腸道，患者也感覺不到。

部分做完腸鏡的患者可能會有下腹部疼痛、少量出血的情況，基本都不是太嚴重的。也有少部分的醫師操作不當，可能會導致患者出現腸道穿孔，但這種情況是很少見的，大部分患者只會有輕微的不適，而且2-3天后就會緩解。