肛門膿腫患者會出現疼痛、排便困難以及里急后重感等癥狀，如果患者的癥狀較輕，應入院遵醫囑口服抗生素藥物以及外涂活血化瘀的藥物進行治療。如果患者膿腫的體積較大，則要入院進行手術引流治療。

最有效的治療方法是手術切開引流，并輔以詳細的探查。對于口腔深部膿腫應仔細發現，必要時進行線治療，保持術后引流不明顯，因為肛周膿腫最常見的原因是反復愈合引起的肛竇炎。患者增加飲食營養，多吃高蛋白和維生素食品。養成按時排便的習慣。