肛瘺不及時治療可能會誘發肛周膿腫或局部疼痛，患者癥狀比較嚴重的時候可能會誘發癌變。患者通過藥液坐浴或中藥熏洗可以緩解，此外用高錳酸鉀溶液坐浴也有消炎的效果。患者癥狀比較嚴重的時候，則需要進行手術治療。

當肛瘺得不到治療的情況下是會逐漸加重的，而且周圍還有可能會慢慢的形成膿腫，患者也會有反復的流膿。得了肛瘺之后也會影響到患者的正常排便，所以每次排便可能會覺得肛門疼痛，有的患者還會因為肛瘺而引起血便。肛瘺也有可能會發生繼發感染，到時候對肛門周圍的影響也是很大的。