核磁共振檢查的項目有很多，比如大腦中樞神經系統、軟組織病變、前列腺癌、子宮、脊柱等都可以用核磁共振檢查出相對應病變，一般核磁共振對身體的神經系統、脊髓、腦以及骨骼檢查是最為清晰的。

磁共振對全身病變，或者不適的部位都可以進行檢查，其最大的優勢對神經系統及軟組織有較高的分辨率，特別是脊髓脊椎的病變，如脊椎的腫瘤萎縮病變外傷，椎間盤病變等都可以檢查，磁共振可以多方位的，多層面的成像，全面的成為三維方式，顯示人體解剖結構或病變。