腸結核的臨床表現在早期多不明顯，多數起病緩慢，病程較長，如與腸外結核并存，其臨床表現可被遮蓋而被忽略。因此，活動性腸外結核病例如出現明顯的消化道癥狀。應警惕腸結核存在的可能性。本病主要臨床表現可歸納如下：1.腹痛。是本病常見癥狀之一，疼痛多位于右下腹，反映出腸結核好發于回盲部的病理特征;然而也可在中上腹或臍周，系回盲部病變引起的牽涉痛，經仔細檢查可發現右下腹壓痛點。疼痛性質一般為隱痛或鈍痛，有時在進餐時誘發，由于回盲部病變使胃回腸反射或胃結腸反射亢進，進食促使病變腸曲痙攣或蠕動加強，從而出現疼痛與排便，便后可有不同程度的緩解。在增生型腸結核或并發腸梗阻時，有腹絞痛，常位于右下腹，伴有腹脹、腸鳴音亢進、腸型與蠕動波。2.大便習慣異常。由于病變腸曲的炎癥和潰瘍使腸蠕動加速，腸排空過快，以及由此造成的繼發性吸收不良，因此腹瀉是潰瘍型腸結核的主要臨床表現之一，腹瀉常具有小腸性特征，糞便呈糊樣或水樣，不含黏液或膿血。不伴有里急后重。一般每天排便約2～4次，如果病變嚴重，涉及范圍較廣，則腹瀉次數增多，有達每天十余次者。潰瘍涉及乙狀結腸或橫結腸時，大便可含黏液、膿液，但便血者少見。此外，間有便秘，大便呈羊糞狀，腹瀉與便秘交替。在增生型腸結核多以便秘為主要表現。3.腹部腫塊。主要見于增生型腸結核，系極度增生的結核性肉芽腫使腸壁呈瘤樣腫塊。在少數潰瘍型腸結核合并有局限性結核性腹膜炎者，因其病變腸曲和周圍組織粘連，或包括有腸系膜淋巴結結核，也可出現腹部腫塊。腹部腫塊常位于右下腹，一般比較固定，中等質地，伴有輕重不等的壓痛。4.全身癥狀和腸外結核的表現。常有結核毒血癥，以潰瘍型腸結核為多見，表現輕重不一，多數為午后低熱或不規則熱、弛張熱或稽留熱，伴有盜汗。患者倦怠、消瘦、蒼白，隨病程發展而出現維生素缺乏、脂肪肝、營養不良性水腫等表現。此外，也可同時有腸外結核，特別是腸系膜淋巴結結核、結核性腹膜炎、肺結核的有關表現。增生型腸結核一般病程較大，但全身情況較好，無發熱或有時低熱，多不伴有活動性肺結核或其他腸外結核證據。5.腹部體征。無腸穿孔、腸梗阻或伴有腹膜結核或增生型腸結核的病例，除在右下腹部及臍周有壓痛外，通常無其他特殊體征。