一旦在孕婦宮頸檢出衣原體，應及時用藥。紅霉素O.5g，每6小時一次口服，連用7日，或0.25g，每6小時一次連用14日，對宮頸衣原體轉陰效果顯著，也是預防新生兒衣原體感染的有效手段。
對有衣原體感染危險的新生兒，至少應住院一周，證明有無衣原體感染。若診斷為衣原體結膜炎，可用1%硝酸銀液滴眼，效果雖佳，但不能預防衣原體肺炎的發生。口服紅霉素：50mg/kg，分4次口服，連用14日，能夠預防衣原體肺炎的發生。
妊娠衣原體治療
孕期生殖道感染解脲支原體(UU)、沙眼衣原體(CT)安全有效的治療方法。方法把96例感染UU和或CT的孕婦隨機分為治療組和對照組各48例。治療組給予阿奇霉素片口服和陰道局部應用羅紅霉素片聯合治療;對照組僅給予阿奇霉素口服治療。結果治療組治愈率為91.67%，對照組治愈率70.83%，兩組比較差異顯著(P〈0.05)。外陰癢，白帶增多及泌尿系感染等臨床癥狀的消失率，治療組明顯高于對照組(P〈0.05)。且治療組治療期間胃腸道反應顯著輕于對照組，無一例復發，無一例流產、早產，胎膜早破，出生嬰兒均健康。結論阿奇霉素口服與羅紅霉素陰道局部應用聯合治療妊娠合并衣原體支原體感染安全有效，副反應少，孕婦易于接受。
女性衣原體感染對懷孕的影響主要為以下幾點
1、假如是孕早期衣原體感染，有可能引起胎兒畸形。
2、衣原體感染的女性懷孕后也有可能危害到胎兒及新生兒，導致流產及新生兒肺炎等。
3、衣原體陽性在女性生殖道最常見的侵犯部位是子宮頸，由此而上蔓延可引起子宮內膜炎(Endometritis)、輸卵管炎、盆腔炎(盆腔腹膜炎)，也可引起急性尿道炎和前庭大腺炎。
4、懷孕期間假如有衣原體感染，分娩時胎兒經過產道可引起新生兒眼炎和肺炎。這使得他們的性器官對病原體的抵抗力下降，他們就比正凡人更輕易出現支原體和衣原體感染。