1、并發顱內血腫
因為在腦室極度擴大、腦皮質菲薄的情況下，術中腦脊液流失過多，腦皮質迅速萎陷，就有可能撕裂橋靜脈，發生硬膜下血腫。故對此類病人，當腦室穿刺成功后，要及時夾閉引流管，以防止腦脊液流失過多而致腦組織塌陷。另外，應注意選用流量及壓力合適的分流管。
2、發熱
腦積水手術后發熱的常見原因有：術后反應性發熱：通常手術后24～48小時恢復正常。②感染性發熱：由于細菌、病毒的毒力不同，發熱類型亦不盡一致。③非感染性發熱：可能為機體對引流裝置的排異反應。腦脊液中蛋白含量過高(超過5 g/L)，在按壓調節泵時(尤其為腦室-靜脈竇分流術)，自體蛋白過多、過快地進入血中而引起發熱。故當發現腦脊液蛋白含量過高時，則應選擇其它類型的分流術式。
損傷重要組織結構
腦積水分流術誤傷重要組織結構臨床并不多見。而在手術時應注意用銳性腦穿刺針刺破硬膜后，及時更換成鈍性腦室穿刺針，穿刺方向和穿刺深度一定要掌握準確，這樣會避免誤傷重要組織結構的發生。
閥門失靈及導管阻塞
在腦積水分流術時，術前應對引流管本身進行吸水試驗，嚴格檢查其性能，操作中注意勿損傷管壁，對分體式引流管，應注意將閥門兩端聯接處結扎牢靠，以防閥門失靈;因為導管長時間至于體內，因導管自身原因或腦脊液的影響，易發生阻塞，術后應定時按壓閥門，以利腦脊液的循環及防止導管阻塞。 術后傷口長期不愈合，會增加感染機率，增加患者的痛苦。而術時因小兒頭皮較薄，所以頭皮壓力泵不宜放在切口上;骨孔不應過大，少用生物膠等異物。術后拆線時間宜稍延長，拆線后，傷口繼續用敷料包扎，直至傷口牢固愈合為止。否則，會引起傷口難以愈合。