鑒別
本病的鑒別主要應排除其他易致胸骨后燒灼感或疼痛、咽喉部刺激癥狀等其他食管疾病，及呼吸、循環等系統疾病。
1、功能性消化不良與功能性燒心癥，本病常有緊張、焦慮等精神因素，患者具有燒心、早飽、上腹脹等消化系統癥狀，但胃鏡檢查時食管常無炎癥性病理改變，食管pH、LES壓力測定均正常，亦無肝膽胰腺疾病存在。
2、少數GERD患者可伴有或僅表現為胸痛、咽喉部異物感，或疼痛、聲嘶、咽球感、哮喘、咳嗽等食管外表現。當出現這些癥狀時，應注意與心源性胸痛、氣管炎、肺炎、支氣管哮喘等疾病相鑒別。
(1)心源性胸痛
常有高血壓、糖尿病史，年紀較大，多由于勞累、進食、激動誘發。胸痛有其特征性，與體位關系不明顯。含化硝酸甘油等血管擴張藥物有效，心電圖常有特征性改變。
(2)氣管炎、肺炎和支氣管哮喘
多有呼吸系統疾病的病史，呼吸道癥狀明顯，肺部可聞及干濕性羅音、哮鳴音。胸片可見肺紋理增粗、肺實變等改變，血白細胞常增高。必須指出，GERD患者胃食管反流嚴重時，反流物墜積于支氣管內，均可導致支氣管炎、肺炎或哮喘的發作。
(3)其他
本病還需與食管運動障礙性疾病、食管裂孔疝、食管良性及惡性腫瘤、感染性食管炎等疾病相鑒別。
核素掃描的不足之處是其敏感性和特異性仍不夠高，報告其在成年人的敏感性從14%～90%，平均65%。特異性稍高，從60%～90%。從另一方面說，監測時間短也是一個缺點，因為反流常是間歇性發作，且多在飯后，監測時間短不易捕捉到反流。用腹帶加壓不是生理狀態，雖然提高了敏感性(其中也包括了一些假陽性)，卻降低了特異性。目前此檢查多被pH監測所取代，但在疑為非酸性反流的情況下，尚有一定用途。