1、腎結核早期病變局限于腎皮質，結核菌首先經血行播散至腎小球毛細血管網并在此形成微小結核灶。其主要病理改變是結核結節和結核肉芽腫的形成，與其他組織、器官結核并無不同。此時病人雖然尿已呈酸性，有鏡下血尿，尿中偶能找到結核菌，但無臨床癥狀，尿路造影檢查亦正常。因此，早期腎結核又稱為病理型腎結核。少數情況下因細菌數量大、毒性高而機體抵抗力弱，細菌可經腎小球濾過后到達髓襻，或經血運到達腎髓質。此時泌尿系結核癥狀病人開始出現臨床癥狀，稱為臨床型腎結核。其病理反應主要位于腎髓質及腎乳頭，表現為破壞性病理改變。結核菌到達腎髓質后大量繁殖，破壞周圍腎實質。結核結節相互融合，中心發生干酪樣壞死、液化，形成閉合性膿腫;極少數嚴重者腎實質大部或全部被膿腫取代，形成結核性膿腎或腎積膿。病變向腎外擴展則產生腎周寒性膿腫或竇道。
隨著病情發展，腎出現病理性修復反應，表現為纖維化和鈣化(鈣鹽沉著)。①纖維化：會造成腎內動脈狹窄、內膜增厚，致使腎皮質缺血、萎縮。腎盂和腎盞纖維化時，其管壁增厚、攣縮，導致腎盞頸或腎盂輸尿管連接處產生瘢痕性狹窄，而使得尿流不暢，腎盂、腎盞內壓增高。②鈣化：多發生在膿腫表面，其內部仍喊有大量結核菌。泌尿系結核癥狀病變晚期腎常因實質破壞和瘢痕收縮而萎縮，表面高低不平，腎功能大部分、甚至完全喪失。
2、輸尿管結核最常見于下段，尤其是輸尿管膀胱連接處，其次是上段，中段很少見，少數情況下可雷界輸尿管全程。
3、膀胱結核最先出現在同側輸尿管開口附近，最初表現為粘膜充血、水腫等一般炎性反應，并有水皰樣改變，粘摸下常形成結核結節。病情進一步發展可出現潰瘍、肉芽腫和纖維化。晚期病變深達肌層，導致逼尿肌纖維化而失去伸縮功能。