腎結核早期，因病變僅局限于腎實質外層，可能無任何臨床癥狀，僅在查尿時出現微量蛋白和少數白細胞，并可查出結核桿菌。當發展到腎實質內層時，除出現低熱、盜汗、消瘦、貧血等結核中毒癥狀外，還可出現下列癥狀：
1、膀胱刺激癥狀
如尿頻、尿急、尿痛等，可在78%左右的患者中出現，是因膀胱內含有膿液和結核桿菌的尿對膀胱的刺激、結核性潰瘍及膀胱廣泛纖維攣縮、容量縮小所致。小便次數一天可達幾十次甚至無法計數，或者尿滴涓涓流出呈失禁現象。
2、血尿
多為顯微鏡下血尿，少數為肉眼血尿。一般是“終末血尿”，是因膀胱三角區的結核性潰瘍在膀胱收縮時出血所致。有時亦可出現全程血尿。
3、膿尿
因腎結核的干酪樣壞死物質脫落到腎盂，從尿中排出所致。輕者僅在顯微鏡下可見膿細胞，重者尿液渾濁如米湯樣。
4、腰痛
輕度腰部酸痛或叩擊痛。
5、晚期腎結核可出現惡心
嘔吐、食欲不振、貧血、水腫等慢性尿毒癥癥狀。