甲狀腺腺瘤應與其他甲狀腺結節相鑒別，甲狀腺腺瘤與結節性甲狀腺腫的單發結節在臨床上有時不易鑒別，以下兩點可供鑒別時參考。
①甲狀腺腺瘤經多年仍保持單發，結節性甲狀腺腫的單發結節經一段時間后，多變為多個結節。
②術中兩者區別明顯，腺瘤有完整包膜，周圍組織正常，界限分明;結節性甲狀腺腫單發結節則無完整包膜，且周圍甲狀腺組織不正常。
以下幾點可做為與甲狀腺癌鑒別時參考
①兒童或60歲以上的男性患者應考慮甲狀腺癌的可能，而甲狀腺腺瘤多發生在40歲以下的女性患者。
②甲狀腺癌結節表面不平，質地較硬，吞咽時活動度小，且在短期內生長較快，有時雖然甲狀腺內結節較小，但可捫及同側頸部有腫大淋巴結，甲狀腺腺瘤表面光滑，質地較軟，吞咽時上下活動度大，生長緩慢，多無頸部淋巴結腫大。
③131碘掃描或核素γ照像甲狀腺癌多表現為冷結節，而甲狀腺腺瘤可表現為溫結節，涼結節或冷結節，且冷結節行“B”超檢查多為囊性表現。
④手術中可見甲狀腺癌沒有包膜與周圍組織粘連或有浸潤表現，而甲狀腺腺瘤多有完整包膜，周圍甲狀腺組織正常。