真菌感染性疾病根據真菌侵犯人體的部位分為4類：淺表真菌病、皮膚真菌病、皮下組織真菌病和系統性真菌病;前二者合稱為淺部真菌病，后二者又稱為深部真菌病。
不同類型真菌性感染之間的鑒別
1.詳詢有無外傷史及手術史，受傷時間、場所，受傷后的處理，發病時間、病情發展經過，有無破傷風預防接種史;對女性患者，應詳詢分娩或流產史;如為新生兒，應詢問分娩史及臍帶處理的情況。有少數病例無損傷史，亦未見明顯的創口。
2.檢查受傷部位、創口情況，創口周圍肌肉有無痙攣及抽動，特別注意腹直肌是否強直。如創口有滲出物或脫落的組織塊，應行細菌學檢查(包括涂片及厭氧菌培養)和病理檢查。
3.觀察患者有無牙關緊閉、陣發性抽搐、痙笑、角弓反張，全身強直及陣發性痙攣，特別注意呼吸道是否通暢，有無喉頭痙攣。待患者安靜后，再檢查有無肺部并發癥，也可行必要的輔助檢查。
組織胞漿菌和副球孢子菌腸炎為地方性流行病，在我國少見，鑒別意義不大。
真菌感染后的檢查及處理措施
一般霜劑每天涂敷兩次，治療持續到皮損消退后7～10天。如果霜劑停用太快，感染并未消除，皮疹又會復發。
抗真菌霜劑要在使用幾天后才顯效，其間可用皮質類固醇霜劑緩解瘙癢和疼痛。可用市售的低劑量氫化可的松霜劑，濃度更高的氫化可的松需要醫生處方。
嚴重的或頑固性感染，可用灰黃霉素治療幾個月，有時同時用抗真菌霜劑。口服灰黃霉素很有效，但可引起副作用，如頭痛、胃腸道功能紊亂、光敏、水腫和白細胞減少等。停用灰黃霉素后，感染可能復發。皮膚真菌感染也可用酮康唑治療。與灰黃霉素一樣，口服酮康唑也有嚴重的副作用，包括肝臟損害。
保持感染部位清潔、干燥有助于抑制真菌繁殖，促進皮膚愈合。感染處應經常用肥皂和水清洗，擦干后撲撒滑石粉。避免使用含玉米粉的粉劑，因為它能促進真菌生長。
如果真菌感染有滲液，可能并發了細菌感染。需要用抗生素治療。涂敷抗生素霜劑或口服抗生素。稀釋醋酸鋁溶液或懷特菲爾德軟膏也可用來使滲液的皮膚干燥。