早期先天梅毒
生后兩歲以內發病。患兒皮膚松弛蒼白，有皺紋如老人貌，體重增長緩慢，哭聲低弱嘶啞，常伴低熱、貧血、肝脾腫大、淋巴結腫大及脫發等。皮膚粘膜損害為最常見，其形態如斑丘疹、丘疹、水皰或大皰、膿皰等，與后天梅毒的二期皮疹相似，但也有相異之處，即好發手掌、足跖及腔洞周圍。
患兒在口角、鼻孔、肛周可發生線狀皸裂性損害，愈后成為特征性放射狀瘢痕;在外陰及肛門可發生糜爛，類似扁平濕疣損害。梅毒性鼻炎為最常見的早期癥狀，可因流涕、鼻塞致哺乳困難。喉炎造成聲音嘶啞。還可發生骨軟骨炎、骨膜炎、甲溝炎及甲床炎等。
晚期先天梅毒
多發生在2歲以后。一類是早期病變所致的骨、齒、眼、 神經及皮膚的永久性損害，如馬鞍鼻、郝秦森氏齒等，無活動性。另一類是仍具活動性損害所致的臨床表現，如角膜炎、神經性耳聾、神經系統表現異常、 腦脊液變化、肝脾腫大、鼻或顎樹膠腫、關節積水、骨膜炎、指炎及皮膚粘膜損害。