慢性腎盂腎炎的發生可由于患者在兒童時期有過急性尿路感染，經治療后癥狀消失，但仍有無癥狀菌尿而誘發，還可由于急性腎盂腎炎治愈后，經尿道器械檢查后激發感染。診斷慢性腎盂腎炎時應與下尿路感染、腎結核、慢性腎小球腎炎等疾病相鑒別。
應與慢性腎盂腎炎相鑒別的疾病
1.下尿路感染：下尿路感染好發于中年女性，患者以尿頻、尿急、尿痛、排尿不適為主要表現，尿中白細胞亦可增多，常被誤診為不典型慢性腎盂腎炎而長期盲目應用抗菌藥物治療，甚至造成不良后果，必須予以鑒別。
2.腎結核：腎結核患者多有腎外結核病史或病灶存在，肉眼血尿多見，膀胱刺激癥狀顯著而持久，往往有結核中毒癥狀?？赏ㄟ^作靜脈腎盂造影，如發現腎實質蟲蝕樣破壞性缺損則可診斷為腎結石。
3.慢性腎小球腎炎：慢性腎小球腎炎患者在無明顯水腫、蛋白尿、高血壓時，其臨床表現與全身感染癥狀和尿路刺激癥狀不明顯的不典型慢性腎盂腎炎相似，尤其當慢性腎小球腎炎患者并發尿路感染或晚期兩者均出現慢性腎功能減退時，鑒別更難。