逆行射精的治療分手術治療和藥物治療兩大類。
手術治療的適應證為過去曾有膀胱頸手術史者，可作膀胱頸Y-V成型術，這要在疾病得到確診之后進行，一般縣級以上的醫院都可以做。
藥物治療的主要適應證是有交感神經功能障礙者，可用腎上腺素藥物治療，也可根據具體情況使用抗膽堿能藥物，這些藥物均需在大夫的指導下服用，以免發生不應有的副作用。
因慢性感染導致的逆行射精，可用抗生素類如氟哌酸、甲硝唑等藥。服用西藥效果不佳時，可辨證選用中藥治療。中醫藥的優勢在于整體治療和因證施治，一般可選用麻黃、連翹、赤小豆、澤瀉、瞿麥、車前子、赤芍等，對改善癥狀、緩解病情均有一定的積極作用。
對于糖尿病患者，應積極治療原發病，病愈后逆行射精就會自然得到改善。對于高血壓病患者，則可更換其它藥品或其它療法降低血壓，盡可能避免使用有影響的藥物。患有慢性膀胱炎、慢性尿道炎、慢性精阜炎者，則不宜過食辛辣食物，不宜過多飲酒，應養成講究個人衛生和多飲水的良好習慣。凡是急于要求生育的夫婦，只要丈夫的精液沒有實質性的病變，可以利用收集精液的辦法進行人工授精。