男性，潛伏期2~14日，通常以尿道輕度不適起病，數小時后出現尿痛和膿性分泌物。當病變擴展至后尿道時可出現尿頻，尿急。檢查可見膿性黃綠色尿道分泌物，尿道口紅腫。
女性，通常在感染后7~12日開始出現癥狀，雖然癥狀一般輕微，但有時開始就很嚴重，有尿痛，尿頻和陰道分泌物。子宮頸和較深部位的生殖器官是最常被感染的部位，其次依次為尿道，直腸，尿道旁腺管和前庭大腺。子宮頸可發紅變脆伴有粘液膿性或膿性分泌物。壓迫恥骨聯合時，可從尿道，尿道旁腺管或前庭大腺擠出膿液。輸卵管炎是常見的并發癥。
在婦女或男性同性戀者，直腸淋病常見。女性常無癥狀，但可有肛周癥狀和直腸分泌物。男性同性戀者，嚴重直腸感染較常見。病人可以發現糞便包有粘液膿性分泌物，并訴排便或直腸交媾時疼痛。口-生殖器接觸所致的淋菌性咽炎通常無癥狀，但有些病人可訴喉痛和吞咽不適;咽和扁桃體發紅，滲出，偶有水腫。
在女性嬰兒和青春前期少女，可有外陰部刺激，紅斑，水腫伴膿性陰道分泌物及直腸炎。患兒可訴尿痛或排尿困難，家長可發現其內褲有污染。