引起習慣性流產的病因很復雜，臨床上竟有43種疾病最終可導致習慣性流產的發生，有免疫性因素、遺傳性因素、感染性因素、內分泌性因素、解剖因素等，而其中免疫性因素導致的流產占習慣性流產的67%之多，解剖因素占14%、 內分泌因素11%、遺傳因素占5%、其它因素占3%。其病因如下：

　　一、免疫因素：

　　免疫因素是指在懷孕早期母體和胎兒處于一種同種異體的狀態，正常情況下由于胎兒和母體之間的胎盤屏障現象，就可以繼續妊娠，不會發生排斥。如果免疫有一些因素不正常了，母體產生抗體后就可以造成免疫排斥。

　　胎盤屏障有兩個概念，一個是起物理的分割作用，另一個是化學的分割作用。實際上母體和胎兒之間在血型以及組織配型上一樣的幾乎很少見，之所以能夠順利生產出來就是因為這個屏障的完好，這個屏障被破壞以后，免疫排斥反應就一定會發生。

　　二、感染和內分泌因素：

　　感染引起的流產往往是偶然一次的，不會是習慣性的，這是一個流產因素，往往并不是習慣性流產常見的因素。內分泌因素是一個習慣性流產的因素，臨床醫生或者是經歷過保胎治療的患者大部分都是用內分泌的方法進行的保胎(注射黃體酮等)。這一類病因在臨床上并不常見。內分泌因素引起的疾病大概有以下幾種，包括子宮內膜異位癥，可以引起卵巢功能改變。還有多囊卵巢綜合癥，也引起排卵后的黃體功能不足。還有全身內分泌因素，包括糖尿病、甲狀腺低功，甚至有一些腫瘤疾病導致內分泌紊亂。當然內分泌紊亂后母體環境就不適合胎兒生長了。

　　三、母嬰血型不合：

　　母嬰血型不合是引起習慣性流產的一種原因。母兒血型不合，主要有ABO型和Rh型兩大類。一旦妊娠，夫妻產前應做血型檢查。如果丈夫為A型、B型或AB型，孕婦為O型，就有ABO血型不合的可能。如果丈夫是Rh陽性，孕婦是Rh陰性，就有Rh血型不合的可能。分娩可使媽媽對胎兒的血液產生抗體。初次懷孕對胎兒影響不大，分娩次數越多，胎兒、新生兒發病的可能性越大，因此，常在第二胎以后發病。此類血型不合的病情重，可常見流產、死產、嚴重的新生兒溶血性黃疸等。

　　四、遺傳因素和母體患其他疾病：

　　根據習慣性流產發生的時間，可以把流產分為早期習慣性流產和晚期流產。早期習慣性流產一般發生在妊娠12周以前，多和遺傳因素、母體內分泌失調等有關。晚期習慣性流產多發生在妊娠12周以后，和子宮畸形、宮頸發育不良及準媽媽患其他疾病等因素有關。