牙頜畸形是怎樣形成的呢?要回答這個問題，我們必須先了解口腔頜面部、牙齒的生長發育過程。牙齒正常發育、萌出后行使咀嚼功能，這種咀嚼的功能刺激可以引導頜骨的正常發育，在這個過程中，面部的肌肉、舌達到一個動力平衡。上下牙正常咬合關系就是在肌肉的動力平衡之中建成的。牙頜畸形的產生就是由于某些因素打破了這種動力平衡，具體可分為先天性和后天性因素。
但是，引起牙頜畸形更多見的是后天性的一系列因素，具體可分為
(1)口腔不良習慣
如咬嘴唇、吐舌頭、長期吮吸手指、咬異物、托腮、偏側咀嚼等到對頜骨和牙齒產生不當的作用力，導致開合、面部不對稱等。
(2)替牙障礙
如乳牙過早脫落，局部缺乏功能刺激而發育不足，以后恒牙萌出缺乏足夠間隙而錯位萌出;乳牙逾期不脫落，導致恒牙錯位萌出等。
(3)全身因素
如維生素A缺乏可引起牙齒萌出遲緩，腦垂體和甲狀腺功能低下，影響骨骼和牙齒的發育。
(4)局部因素
如乳牙外傷波及恒牙胚，導致恒牙錯位萌出。
總之，牙頜畸形發生的因素錯綜復雜，有時候并不能單純的歸結為某一種因素。據統計，遺傳因素在牙頜畸形因素中占有較高比例。