軟組織腫瘤的病理診斷較困難，例如纖維肉瘤，纖維型滑膜肉瘤，惡性纖維組織細胞瘤等經常混淆。近年來應用多種標志物進行軟組織腫瘤的免疫組化研究可根據其染色表現型提供組織學診斷依據。常用抗血清診斷標記
1、波形蛋白(Vimentin)，用于鑒別癌與肉瘤。
2、結蛋白(Desmin)，用于診斷平滑肌源性腫瘤，橫紋肌肉瘤，腺泡狀軟組織肉瘤等。
3、肌紅蛋白(Myoglobin)，橫紋肌肉瘤多為陽性。
4、S-100蛋白(S-100protein)，主要用于周圍及中樞神經系統腫瘤的診斷。
5、a1抗胰蛋白酶(a1—AT)，a1抗糜蛋白酶(a1-ACT)可作為惡性纖維組織細胞瘤及組織細胞來源腫瘤66診斷。
6、第八因子相關抗原(F8)，作為血管肉瘤的診斷。
7、角蛋白(Keratin)，
用于間皮肉感上皮樣肉瘤，上皮型滑膜肉瘤的鑒別診斷現代細胞定量技術，如流式細胞儀，自動圖像分析儀以及分子生物學技術的研究也逐日增多，推動了病理學的進展。