腸系膜淋巴結結核的主要癥狀為一般結核中毒癥狀及局部癥狀。慢性中毒癥狀為長期不規則低熱、食欲減退、消瘦、容易疲勞睡眠不安、情緒不穩等。局部胃腸道癥狀有惡心、嘔吐腹瀉、便秘、腹脹、腹痛等，其中以腹痛為最常見。腹痛可為經常持續的輕度鈍痛，但更類似絞痛。專家提出：腹痛多位于臍周或腹部深處，多在左上腹或右下腹，因此易被誤診為急性闌尾炎而做手術。
視診和觸診可見腹壁輕度緊張和膨隆，觸診可發現典型的壓痛點，常在右下腹相當于闌尾炎點處，或在左上腹內帶相當于第2腰椎水平即腸系膜根處。有時可觸到1個或多個腫大淋巴結，小如蠶豆，大可似手拳，有壓痛觸診應在清晨空腹清洗灌腸后進行。
腫大淋巴結有時可引起壓迫癥狀：壓迫門靜脈使回流受阻產生腹水及腹壁靜脈擴張;壓迫下腔靜脈可引起下肢水腫;壓迫胸導管可引起乳糜性腹水;壓迫幽門可致幽門狹窄;壓迫腸道可引起不全性腸梗阻。此外患兒往往有黃或白厚舌苔，表示消化功能不好有時呈高度過敏，如反復出現皰疹性結膜炎等。
腸系膜淋巴結結核并發癥：引起腹瀉、腹痛;腫大淋巴結壓迫門靜脈使回流受阻，可產生腹水及腹壁靜脈擴張;壓迫下腔靜脈可引起下肢水腫;壓迫胸導管可引起乳糜性腹水;壓迫幽門可致幽門狹窄;壓迫腸道可引起不全性腸梗阻。