小兒弱智的病因復雜多種，涉及范圍廣泛，諸如生物學因素、社會心理因素以及其他因素等均可能導致腦功能發育阻滯或大腦組織結構的損害。隨著近代醫學科學的發展，一部分病例可查明病因，但仍有許多病例尚未能發現致病的原因。現就產前、圍生期和產后致病因素簡要分述如下：
一、產前損害
1、遺傳因素。
2、感染。
3、中毒。
4、營養不良。孕婦持續較長時間營養不良是使胎兒生長發育障礙重要的原因，導致低體重兒和腦發育不良。
5、物理和化學因素。
二、產時損害
圍生期因素，包括窒息、產傷、顱內出血、感染、早產兒或極低體重地和核黃疽等是引起小兒智力低下的重要因素，在發展中國家以窒息、產傷引起腦損害最為常見，重度的缺氧、缺血往往可導致重度智力障礙和其他腦損害，如癲癇、腦性癱瘓等。
三、產后損害
新生兒和嬰幼兒時期，中樞神經系統嚴重感染，如腦炎、腦膜炎、新生地敗血癥及肺炎引起高熱、昏迷、抽搐等均可致后遺神經系統損害，包括肢體癱瘓、癲癇和智力障礙，小兒由于嚴重顱腦外傷，各種原因造成缺氧、缺血以及中毒等，均可能導致神經系統損害和智力障礙，鉛中毒是兒童行為障礙，學習困難重要的因素。
心理社會因素對小兒智力發育影響重大，如在嬰幼兒發育階段與社會嚴重隔離，缺乏社會交往，缺乏良性環境刺激，喪失學習機會等均可產生智力發育阻滯，甚至重度智力缺陷。