尿道下裂的誘因有很多種，但一般最常見的常見的有以下幾點：
1.基因突變 發現尿道下裂患者，可存在雄激素受體基因性別決定基因5α-還原酶基因，抗苗勒管激素基因CYP21B基因的突變。
2.環境因素 有研究發現在妊娠早期，用過黃體酮保胎的新生兒中，尿道下裂的發生率較高，同時有研究表明，尿道下裂患者的雌二醇和雌酮的水平增加，這些研究提示，雌性激素有拮抗雄激素作用。
3.發育不正常 胚胎發育過程中，陰莖腹側尿生殖溝的發育，與融合受垂體與雄激素的影響，如果雄激素缺乏，尿生殖溝兩側皺褶的融合發生障礙，致使尿道腹側壁缺損，尿道開口于陰莖腹側，正常尿道口后方形成尿道下裂。
4.染色體異常 在尿道下裂患者中的染色體畸變率，較正常人群有明顯增高，其中包括有常染色體畸變，及性染色體畸變。