慢性前列腺炎根據病史、癥狀、直腸指診、前列腺液檢查等一般診斷并不困難，但對癥狀復雜、體征不典型者應與下列疾病相鑒別。
1.前列腺痛
這些患者表現為持續的尿頻、尿痛、排尿困難，會陰、下腹、腰骶等部位疼痛不適，久坐、騎車后加重。直腸指診檢查兩側肛提肌壓痛明顯，前列腺觸診正常而無壓痛。以往此癥被稱為梨狀肌肛提肌癥候群，前列腺液鏡檢正常，細菌培養無生長。
2.前列腺膿腫
大多數為急性細菌性前列腺炎的并發癥，多發生在50～60歲，半數病人有急性尿潴留，尿頻，排尿困難，直腸不適，尿道流膿，有的伴有附睪炎。直腸指診前列腺病側增大，觸之軟，有波動感。偶爾前列腺膿腫可自然向尿道破潰，也可向直腸破潰，被誤認為直腸周圍膿腫。
3.前列腺結石
指發生在前列腺腺泡內和腺管內的結石。與前列腺慢性炎癥，前列腺液潴留，腺管狹窄，代謝紊亂等因素有關。無機鹽如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等沉積在前列腺腺泡內的淀粉樣體，上皮細胞和炎性滲出物上形成結石，患者可表現有慢性前列腺炎的各類癥狀，但直腸指診檢查可捫及前列腺有結石摩擦感，骨盆X線在恥骨聯合區一側有陽性結石影，超聲波檢查可在前列腺結石部位出現強光帶，并有聲影。
4.前列腺結核
癥狀與慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系結核或其他部位結核病灶的病史，直腸指診檢查前列腺呈不規則結節狀，附睪腫大變硬，輸精管有串珠狀硬結，前列腺液結核桿菌直接涂片或PCR檢測有結核菌。
5.前列腺癌
晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等癥狀，但患者常有消瘦、乏力、貧血、食欲不振等明顯全身癥狀，直腸指診前列腺有堅硬如石的腫塊，表面高低不平，血清前列腺特異抗原及前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團。CT檢查可見前列腺形態不對稱，若腫瘤向包膜外浸潤，可見精囊和膀胱后壁的組織間隙消失。CT可確定前列腺癌的浸潤程度。