慢性扁桃體炎的病因主要在于：慢性扁桃體炎時，隱窩內上皮壞死脫落，細菌及炎性滲出物聚集其中，隱窩可產生小潰瘍及瘢痕形成而引流不暢，適于細菌生長繁殖，故感染不易消除。屢發急性扁桃體炎，使機體抵抗力降低或治療不徹底，則更易轉為慢性。本病發生機理尚不清楚，但近年來基于免疫學的觀點，認為自身變態反應為引起慢性扁桃體的重要機制。
病理改變：按其病理變化，可分三型。
1.增生型 多見于兒童。扁桃體淋巴組織增生，淋巴濾泡增多，結締組織增加，扁桃體慢性充血、肥大。
2.纖維型 多見于成人。扁桃體淋巴組織萎縮，間質內纖維瘢痕組織增生，隱窩口阻塞，扁桃體變小而堅韌。
3.隱窩型 主要病變深居扁桃體隱窩內，淋巴濾泡呈慢性炎癥，淋巴組織瘢痕化。由于隱窩口被瘢痕組織阻塞引流不暢，以致隱窩明顯擴大，或有大量脫落上皮、細菌、淋巴細胞和白細胞聚集形成膿栓。因病情重易產生并發癥，又稱慢性膿毒性扁桃體炎。