1.新生兒大便不通有以下幾種原因：
①先天性單純性肛門閉鎖或直腸閉鎖。該病癥是由于胎兒發育過程形成的先天性畸形者，在肛門口覆蓋一層透明薄膜。
②先天性小腸閉鎖及小腸狹窄。該病患兒的癥狀表現為哭鬧不寧(腹痛)、嘔吐及不排胎糞;同時腹脹、腹壁出現腸形和腸蠕動波，并出現脫水及休克危象。屬于急危癥，一經診斷應立即施行外科手術治療。
2.新生兒便秘癥有以下幾種原因：
①先天性肛門閉鎖或直腸閉鎖伴發直腸陰道瘺、直腸膀胱瘺，直腸會陰痿等先天性畸形者，如果其痿口狹小，易造成新生兒患慢性便秘癥。
②先天性肥厚性幽門狹窄癥。其癥狀表現為持續性噴射狀嘔吐、頑固性便秘癥、腹部可見胃蠕動波、體重銳減、而容憔悴、皮膚枯干、皮下脂肪消失、皮膚無彈性等。病情進展極為嚴重，一經診斷應盡早施行手術。
③先天性巨結腸癥。
④呆小病。即新生兒甲狀腺功能減退癥，出生后即發生便秘癥。患兒表現為體溫偏低，少活動，少哭笑，反應遲鈍，呆滯，昏沉欲睡，食欲不振，經常性便秘等。