對于腦血栓和腦栓塞兩種病，人們常常易于混淆，辨別不清。它們雖然都屬于缺血性中風，其實又不是一回事。從發病機理上講，腦血栓主要是由于腦血管的病變，造成腦血管阻塞所致。腦栓塞則為身體其它部位的栓子堵塞于腦血管引起。從臨床表現上看，它們也有很多不同之處，如：
(1)發病年齡：腦血栓發病年齡多較大，多在55歲以上。而腦栓塞則多發生在20～40歲的中青年身上。
(2)病史：腦血栓多有高血壓、動脈硬化、短暫腦缺血發作及糖尿病等病史，而腦栓塞患者多有心臟病，特別是風濕性心臟病、心房纖額等病史。腦血栓形成之前，常有短暫性腦缺血發作表現，而腦栓塞則很少有短暫性腦缺血發作病史。
(3)起病形式：腦血栓多為緩慢發病，常在安靜狀態下如睡眠中發病。而腦栓塞往往是在活動中，特別是在用力或情緒激動情況下突然發病。
(4)癥狀表現：腦血性多無頭痛、嘔吐等高顱壓癥狀，其偏癱、失語等癥狀逐漸加重。而腦栓塞可有頭痛、嘔吐及意識障礙等，偏癱、失語等癥狀往往突然發生。