1、絕大多數輸尿管上皮性仲瘤為惡性，即使良性的乳頭狀瘤，也有較多惡變的機會，所以對于對側腎功能良好的病例，一般都主張根治性手術切除，切除范圍包括該側腎、全長輸尿管及輸尿管開口周圍的一小部分膀胱壁，尤其強調輸尿管開口部位膀胱壁的切除。
2、保守性手術治療
(1)保守性手術的絕對指征：①伴有腎功能衰竭;②孤立腎;③雙側輸尿管腫瘤。
(2)保守性手術的相對指征：①腫瘤很小，無周圍浸潤;②腫瘤有狹小的蒂或基底很小;③年齡較大的患者;④確定為良性輸尿管腫瘤的患者。
3、雙側輸尿管腫瘤的處理
(1)如果是雙側下l/3段輸尿管腫瘤，可采取一次性手術方法，切除雙側病變，分別行輸尿管膀胱再植術。
(2)雙側上l/3段輸尿管仲瘤，采取雙側輸尿管切除，雙側腎盞腸襻吻合術或雙側自體腎移植。
(3)一側上段輸尿管腫瘤，另一側為下段輸尿管腫瘤，視病變情況，根治病情嚴重的一側，或作上段一側的腎、輸尿管及部分膀胱切除，另一側作腸代輸尿管或自體腎移植術。
4、激光治療 在輸尿管鏡下對腫瘤進行激光治療，技術要求高，價值有待評估。
5、化學治療及放射治療 晚期的輸尿管腫瘤可采取放射治療，效果欠滿意。化學治療見膀胱腫瘤章節。