腎結核是進行性的結核病變，不經治療不會自愈。腎結核的治療主要是抗結核的藥物治療。藥物治療可使部分早期結核病變痊愈，免于手術或縮小了手術范圍。有適應證的腎結核的各類手術都以藥物治療為基礎，采用藥物和手術等綜合治療，才能提高療效，縮短療程。
1.泌尿系結核的藥物治療
確診為腎結核但腎功能尚好，尿液排出無梗阻是藥物治療的基礎前提。主要適應證為：①臨床前期腎結核;②雙側或單側小病灶腎結核;③獨腎或雙側腎結核，病變廣泛嚴重不宜手術者;④身體其他部位有活動性結核不宜手術者;⑤同時兼有其他嚴重疾病不能耐受手術者;⑥配合手術前后的藥療。
抗泌尿系結核藥物種類很多，主要有：鏈霉素(SM)、異煙肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)等。用藥必須堅持五項基本原則：早期、聯合、足量、足期和規則，才能獲得較好的療效，否則將功虧一簣。
藥物治療泌尿系結核的具體方案：①INH+RFP+EMB+SM;②INH+RFP+EMB;③INH十RFP+PZA;④INH十RFP;不少人在治療的頭半年用方案①，第二個半年用方案②或③，第三個半年用方案④。腎結核藥物治療停藥標準：①全身情況、血沉、體溫已恢復正常;②膀胱刺激癥狀完全消失;③多次尿常規檢查已正常;④長期多次尿沉渣找抗酸桿菌均陰性;⑤尿液培養、動物接種陰性;⑥全身無其他結核病灶;⑦X線等影像學檢查病灶已愈合。
2.手術治療泌尿系結核
手術前需用藥物治療，控制至病變進程呈穩定狀態，腎切除前一般藥療一個月左右。各種腎結核術后宜正規藥療一年以上。手術方式主要有：腎切除術;腎部分切除術;腎病灶清除術;腎盂輸尿管狹窄切除吻合術。