(一)單純病變階段-初發階段
是結核病變早期，病變進展緩慢，病變限于錐體及椎旁軟組織，骨質破壞較輕，無膿腫或膿腫較小局限于椎旁，大多無脊髓壓迫、截癱等合并癥，臨床癥狀較輕，影像學檢查常無典型征象(或僅有脊柱序或椎間隙改變)。該階段病灶區與周圍組織的血運尚好，病變發展處于可逆狀態，采用常規的非手術治療多可治愈 ，無需手術干預。
(二)病變發展階段-合并癥階段
病變進展明顯，突破椎體及椎旁，向四周蔓延，病灶區與周圍組織的血運逐漸中斷，椎體骨質進一步破壞，骨質缺損嚴重，脊柱穩定性遭受破壞，致椎體塌陷，后突畸形，脊柱側突凸等發生。影像學檢查典型征象。膿腫增大并向遠處流注，累計周圍組織及器官，并破潰形成竇道和合并感染或破入其他臟器，甚至有脊髓壓迫或截癱等發生，臨床癥狀明顯，單純保守治療已不足以組織病變的發展，應積極進行手術干預，制止病變的發展。臨床上大多患者發現時均屬此期。
(三)病變穩定與治愈階段
病變靜止并開始修復，竇道愈合，臨床癥狀輕微;或病變已愈，尚殘留一些后遺癥狀，如脊柱側凸或后凸畸形、強直、截癱等。
以上分期在臨床中有一定的局限，我們根據病程對脊柱結合進行了新的分期：
(一)活動期
表現發熱、盜汗、消瘦、腰背疼痛、僵硬、神經功能障礙、竇道等;
(二)穩定期
脊椎結核病灶已穩定，如沒有形成嚴重后凸畸形，沒有神經受壓功能障礙，沒有脊柱不穩時為臨床治愈;如出現后遺癥時(如逐漸形成后凸畸形、神經功能障礙和脊柱不穩)需進一步治療。
治療的目的就是運用各種方法將活動期的脊椎結核順利進入穩定期，臨床大多數求治的患者大多數是屬活動期，約占85%—95%，其中大部分(85%—95%)可以通過微創手術可以進入穩定期。