門靜脈高壓癥的治療從病因下手才是最根本的治療，比如所有肝內型的病例最好的治療手段就是肝移植，肝臟的問題解決了，門靜脈自然暢通了，門靜脈壓力也就下來了。沒有條件肝移植的病人則已控制肝臟病變進展為主要目的，移植肝炎病毒，減輕肝臟纖維化程度等。而肝后型則要從如何打通肝臟血液流出道方面考慮，如果是布加綜合征可以考慮用介入的方法或做布加綜合征根治術，縮窄性心包炎部分情況也是能夠做手術解決的。肝前型的治療手段比較少，門靜脈本身的病變很難通過手術治好，往往只能對癥治療。
降低門靜脈壓的藥物治療
用于降低門靜脈壓力的藥物主要有三大類。
(1)血管收縮藥物
可以直接或間接地引起內臟血管收縮減少從而減少門靜脈血流，以達到降低門靜脈壓力及減少側支血流的作用。常用藥物有垂體后葉素、醋酸特利加壓素、思他寧、善寧、心得安、氨酰心安等
(2)血管擴張藥物
通過松弛血管、擴張門靜脈血管來降低門靜脈壓力或通過擴張外周血管、降低內臟動脈血流從而降低門靜脈壓力。常用藥物有哌唑嗪、酚芐明、酚妥拉明、可樂定、以及硝酸甘油、消心痛、心痛定、異搏定等
(3)其他
比如速尿、螺內酯等利尿藥可通過降低血容量并減低心排血量、減少內臟血流量而降低門靜脈壓，丹參、當歸、川芎、赤芍等中藥均可改善肝臟微循環，擴張門靜脈降低門靜脈壓力。