近30年來，確定尿路感染部位的直接定位診斷法，主要有以下三種：
(1)輸尿管導管法
此法為Stamey等于1965年首創，用以區別上尿路感染和下尿路感染。由膀胱鏡內分別向兩側輸尿管插管，取出尿標本送檢，作細菌培養和常規檢查，以確定有無上尿路感染，屬一側性還是兩側性感染。此法準確性高(100%)，但屬有創傷性檢查方法，給病人帶來一定痛苦，且操作麻煩，故不作常規使用。
(2)膀胱沖洗尿培養法
此法是1967年Fairley等首先提出。排尿后，用三腔導管插入膀胱，向膀胱注入無菌生理鹽水(內含慶大霉素4萬u，鏈激酶12.5萬u)保留30～45分鐘后排空膀胱尿，再用無菌生理鹽水2000mL反復沖洗膀胱，最后一次沖洗液留取數毫升作為標本①，以后每隔10分鐘留尿一次，共4次，作為標本②、③、④、⑤。
每份標本作細菌培養和菌落計數。如為下尿路感染，則培養無菌生長。如為上尿路感染，則尿菌陽性。據統計，確診為腎盂腎炎者，此試驗符合率為84.8%，膀胱炎符合率為66.6%。此法簡便易行，創傷小，病人易接受，臨床更為常用。
對神經源性膀胱炎患者的尿路感染定位也是有用的。其缺點是耗時間，不能分辨是何側腎感染。腎臟排菌為間歇性時會存在假陰性。另外，Hulter等報道，對保留導尿管后的尿路感染病人，本試驗難以作出定位診斷。因為導尿管加重了膀胱粘膜水腫、出血壞死，加重了感染，細菌在膀胱粘膜里很難被清除。
(3)腎活體組織檢查
根據組織學和細菌學檢查確定有無上尿路感染。然而，由于腎盂腎炎的病變是呈灶性分布的，而穿刺采出的腎組織僅占腎臟的1/10000，穿刺出來的腎組織不一定是病灶，故腎活體組織檢查的結果可以正常;如果剛好穿刺中病變組織，則檢查結果為慢性間質性腎炎，并不能肯定是否因細菌感染所致，除非腎活檢組織培養有致病菌，否則不能確診。所以，用腎活檢診斷上尿路感染很不可靠。