手術治療的目的是通過切除腫瘤達到解除腫瘤對視神經交叉及其他神經組織的壓迫，解除顱內壓增高，對下丘腦-垂體功能障礙則較難恢復。
對于實質性腫瘤，手術可切除瘤體;對于囊性腫瘤，手術可放去囊液，從而緩解腫瘤的壓迫癥狀。
由于顱咽管瘤為良性腫瘤，除部分與視交叉、灰結節、垂體柄、下丘腦、第三腦室底等某處粘連外，大多數與周圍組織結構有膠質反應邊界或蛛網膜分界，因此原則上應力爭做到腫瘤全切除，尤其對兒童患者，以防止復發。
小的顱咽管瘤特別是鞍內型腫瘤一般采取經蝶術式，大瘤宜采取經顱術式。一般來說，成功的手術可有效緩解視交叉受壓引起的視力、視野改變以及高顱壓引起的頭痛等癥狀，還能使腺垂體功能得到恢復。
不過，很多鞍上型顱咽管瘤與周圍腦組織(特別是下丘腦)緊密相連，增加了手術的難度，對這些病人并不強求完全切除腫瘤，可采取部分切除，部分切除的缺點是術后復發率很高。
根據腫瘤生長部位、大小、形狀、鈣化程度、囊腫部分的位置，以及與周圍組織的關系和容易接近腦脊液通路等因素，手術需選擇不同的入路或方式，并各自有其優缺點。