有數種病毒可引起手足口病。最常見的是柯薩奇病毒A16型，此外柯薩奇病毒 A的其他株或腸道病毒71型也可引起手足口病。柯薩奇病毒是腸道病毒的一種。腸道病毒包括脊髓灰質炎病毒、柯薩奇病毒和埃可病毒。其感染部位是包括口腔在內的整個消化道，通過污染的食物、飲料、水果等經口進入體內，并在腸道增殖。
手足口病主要發生在10歲以下的兒童，但成人也有可能得病，因此可以說每個人都是易感的。感染后只獲得該型別病毒的免疫力，對其它型別病毒再感染無交叉免疫，即患手足口病后還可能因感染其它型別病毒而再次患手足口病。
感染的方式：
其感染部位是包括咽部在內的整個消化道，其傳播途徑是糞—口，僅少數是呼吸道。手足口病是由于食用和飲用被污染的飲料、水果、食物等造成的，而不是在擁擠的人群中通過呼吸傳播的。
該病毒在室溫下可存活數日，50℃可以迅速滅活，燒開的水中無存活病毒。因此，手足口病的預防主要是在疾病流行期，注意食用和飲用新鮮熟食。腸道病毒是人類最常見、最重要的病毒，其感染部位是消化道，而不是呼吸道，由于沒有腹瀉，臨床醫生往往將腸道病毒感染誤診為胃腸型感冒、不明原因發熱、流行性胸痛、病毒性腦炎、病毒性心肌炎等等。在治療上往往僅僅采取對癥處理。
兒童和成人都可能感染，5歲以下兒童多發，所以成人也有可能得病，因此可以說每個人都是易感的。感染后只獲得該型別病毒的免疫力，對其它型別病毒再感染無交叉免疫，即患手足口病后還可能因感染其它型別病毒而再次患手足口病。 環境衛生差、個人衛生習慣不良誘導病發，常引起兒童手足口病、病毒性咽峽炎。