1、病因：
腸道病毒中的柯薩奇病毒是手足口病的
元兇。其感染部位是包括咽部在內的整個消化道，而不是呼吸道，其傳播途徑是糞—口，僅少數是呼吸道，也就是說，手足口病是由于食用和飲用被污染的飲料、水果、食物等造成的，而不是在擁擠的人群中通過呼吸傳播的。其感染部位是非常明確的——腸道。(詳見全國高等醫學院校教材第五版、第六版、各種感染微生物學專著如李蘭娟院士主編的感染微生物學，微生物學檢驗等教材)
腸道病毒特點：室溫下可存活數日，50℃可以迅速滅活，燒開的水中無存活病毒。因此，手足口病的預防主要是在疾病流行期，注意食用和飲用新鮮熟食。
腸道病毒感染特點：腸道病毒是人類最常見、最重要的病毒，是臨床工作中最常見的病毒感染，其感染部位是消化道，而不是呼吸道，由于沒有腹瀉，臨床醫生往往將腸道病毒感染誤診為胃腸型感冒、不明原因發熱、流行性胸痛、病毒性腦炎、病毒性心肌炎等等。在治療上往往僅僅采取對癥處理。
2、腸道病毒感染的診斷：
1)、有飲食不潔史，如生冷、冰鎮食物，不新鮮食物如剩菜、剩飯、剩粥，冰箱內儲存的食物，飯店、食堂、攤點等出售的食物，尤其是動物性食品，長期儲存的食物如水果、飲料、罐頭、奶飲料，反季節水果、蔬菜等，尤其是學校、幼兒園公用飲水機以及集體供奶是導致腸道病毒流行的重要原因。
2)、突起發熱、咽痛、食欲不振、厭食、惡心、嘔吐、腹痛，部分患者發熱伴頭痛、頭暈、精神萎靡、嗜睡，也可以表現為發熱、頭痛、胸痛，部分患者表現為發熱、口痛、厭食，口腔皰疹、潰瘍，手心、腳心皰疹等(手、足、口，出現皰疹，臨床往往診斷為手足口病)。