尿道炎的診斷除根據病史及體征外，需將尿道分泌物行涂片染色檢查或細菌培養，以明確致病菌。男病人若無尿道分泌物，應行尿三杯試驗。急性期尿道內忌用器械檢查。慢性尿道炎需行尿道膀胱鏡檢查以便明確發病的原因。有時可用金屬尿道探條試探尿道內有無狹窄，必要時行尿道造影。
尿道炎首先應與淋病性尿道炎區別，淋病性尿道炎是一種特異性感染的性病，尿道有膿性分泌物，膿液涂片染色檢查可見在分葉核粒細胞內有革蘭氏陰性雙球菌。其次，應與非淋菌性尿道炎及滴蟲性尿道炎區別，女性容易在陰道內找到滴蟲，而在男性不易找到滴蟲，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中檢查有無滴蟲，作出診斷。Reiter癥候群除尿道炎外，同時有結膜炎和關節炎。