淋巴結結核是一種慢性消耗性疾病，在現實的病例中結核桿菌是無孔不入的，可以侵略人體的多個部位，由始發部位蔓延到身體的其他部位，而且隱秘性很強，重慶貽青中醫院專家提出在臨床診斷時應與以下疾病進行鑒別：
一、軟下疳
為Ducreyi嗜血桿菌引起的局灶性傳染病。陰部疼痛性小丘疹迅速破潰形成淺表潰瘍，邊緣不齊，周邊發紅，常相互融合。腹股溝淋巴結腫大、壓痛并粘連在一起而形成膿腫、有波動感。膿腫上方皮膚紅亮，可破潰形成竇道。應與膿腫型淋巴結結核鑒別。診斷主要由臨床表現及性生活史確立，且可與淋巴結結核鑒別。本病細菌培養較難。
二、性病性淋巴肉芽腫
本病由沙眼衣菌屬的免疫型所引起，多見于熱帶和亞熱帶地區。最初的癥狀為單側有壓痛的腹股淋巴結腫大，發展形成巨大而有壓痛和波動的腫塊，與深部組織粘連、上方皮膚有炎癥，可形成瘺管。可伴有發熱、頭痛、關節痛等全身癥狀。診斷依性生活史、臨床表現及補體結合試驗，有條件可作免疫熒光鏡檢。
三、艾滋病
艾滋病相關征候群中有一個亞型， 表現為頑固的全身淋巴結病、 淋巴結腫大常持續3個月以上， 而近期并無任何可致淋巴結病的疾病或用藥史。 查AIDS病病毒抗體(HIV)陽性。①近期內(3～6個月)體重減輕10%以上，且持續高熱38℃一個月以上;②近期內(3～6個月)體重減輕10%以上，且持續腹瀉(每日達3~5次)一個月以上;③卡氏肺囊蟲性肺炎(P.C.R);④卡波西肉瘤(K.S);⑤明顯的霉菌或其他條件致病菌感染。
若HIV抗體陽性者體重減輕、發熱、腹瀉癥狀接近上述①標準且具有以下任何一項時，可為實驗確診AIDS病人：CD4+/CD8淋巴細胞計數比值<1，細胞計數下降;②全身淋巴結腫大;③明顯的中樞神經系統占位性病變的癥狀和體征，出現癡呆、辨別能力喪失或運動神經功能障礙。
雖都有全身淋巴結腫大，依病史(賣血或接受使用血液制品史、靜脈吸毒、性紊濫等)及上述臨床表現和實驗室檢查不難淋巴結結核鑒別,活檢淋巴結反應性增生。