尖銳濕疣潛伏期3周到8個月，平均3個月，多見于性活躍的青、中年男女，發病高峰年齡為20-25歲，病癥過程平均在3-5個月的男女患者傳染性最強，在性接觸后不久即發病，而病癥過程平均12個月的男性患者，其性接觸者可不發病。
由于尖銳濕疣初期時不痛不癢，皮疹也不明顯，多數患者一般無癥狀。損害大小及形狀不等。可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害：在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的濕疣可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內尖銳濕疣可發生疼痛、便血，而直腸內大的濕疣則可引起里急后重感。
男性患者好發于包皮系帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。病癥初期為淡紅或污紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒。在肛門部常增大，狀如菜花，表面濕潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓后可繼發感染。位于濕度較低干燥部位的生殖器疣，損害常小而呈扁平疣狀。位于濕熱濕潤部位的疣常表現為絲狀或乳頭瘤狀，易融合成大的團塊。有嚴重肝病的患者濕疣可增大。臨床感染是指臨床上肉眼不能辨認的病變，但用3%-5%醋酸液局部外涂或濕敷5-10分鐘可在HPV感染區域發白，即所謂“醋酸白現象”。