口腔潰瘍的中藥包括局部用藥和全身內服藥兩大類。 局部用藥以散劑為主，例如錫類散、珠黃散、三七粉、青吹口散、西瓜霜、珍珠粉、青黛散等等。
全身內服用藥根據主治功能不同又分若干種類。
1、清熱解毒類
一清膠囊，清身飲沖劑，金銀花露、銀翹片，桑菊感冒片等。常用的中草藥有藿香、佩蘭、蒲公英、白芷、大青葉、板蘭根等。主治實火型口腔潰瘍;
2、活血化瘀類
丹參片、三七片、小金丹、燈盞花素片等。常用中草藥有：丹參、三七、川芎、紅花、桃仁、澤蘭、當歸、首烏等。主治氣滯血瘀型口腔潰瘍;
3、滋陰類
六味地黃丸，知柏地黃丸、大補陰丸、石斛夜光丸，生脈飲等。常用中草藥有生地、玄產、麥冬、玉竹、石斛等。主治陰虛火旺型口腔潰瘍;
4、健脾補腎類
金匱腎氣丸、蓯蓉補腎丸、健脾丸，保和片等。常用中草藥有山藥、白術、扁豆、山查等。主治脾虛濕困型口腔潰瘍;
5、補氣補血類
參芪丸，十全大補丸，安神補心丸、凝血糖漿、棗仁丸，云芝糖肽、玉屏風沖劑等。常用中草藥有當歸、熟地、黃花、黨參等。主治氣血兩虛型口腔潰瘍;
6、疏肝理氣類
龍膽瀉肝丸、加味逍遙丸等等。常用中草藥有龍腥草、柴胡、枳殼、延胡索、香附、郁金等。主治肝氣郁結型口腔潰瘍。
醫者和患者可以根據中醫辯證“對號入座”。