基質性角膜炎是位于層內的炎癥，屬非潰瘍性的深層角膜炎。
其臨床表現如下
(1)梅毒性
先天性梅毒引起者，發病年齡多為5～20歲的青少年。兩眼同時或先后發病，并伴有耳聾、上門牙下緣缺損、鞍鼻等特征，后二者和角膜改變構成;血清康華氏反應陽性。后天梅毒引起者少見。眼部病變一開始，即有明顯的刺激癥狀。從角膜周邊部開始發生浸潤，逐漸向中央區擴展，最后在角膜中心區會合。角膜基質因浸潤、水腫、呈灰白色霧狀混濁，失去原有的光澤。睫狀充血或混合充血明顯。隨著角膜病變的發展，可見新生的深層血管呈毛刷狀從角膜緣四周侵入角膜基質，逐漸伸向角膜中央，使角膜變成暗紅色磨砂玻璃樣混濁。一般兩周后浸潤可擴展到全部角膜，約1個月炎癥達高峰;同時布滿新生血管。此病總是伴有虹膜睫狀體炎。恢復期，睫狀充血減輕，炎癥漸消退。角膜混濁的吸收，也從周邊部開始;炎癥消退后角膜光澤恢復正常。最終，在角膜中央區遺留下不同程度的瘢痕，影響視力;如瘢痕致密或變成扁平角膜時，可嚴重影響視力。角膜新生血管逐漸變細萎縮。多年后，在角膜深層留下極細的灰白色絲狀影子血管，成為本病永存的特殊標志。有的病例因并發虹睫狀體炎，可導致繼發性青光眼。
(2)結核性
多單眼發病。在角膜基質中、后層發生浸潤。初期靠近角膜緣，后漸向角膜中央發展。浸潤性混濁多呈結節狀或團塊狀。其數目不定，多局限于一定區域，不像梅毒性的全面蔓延。在炎癥浸潤的同時，出現新生血管，其分布也呈區域性，由少增多，并在結節狀混濁的周圍呈絲球狀盤繞。病程經過緩慢，可成年累月反復加重，最后大部角膜受累。愈后留下較厚的、濃淡不一的瘢痕，視力可嚴重受到影響。