自閉癥的治療原則是治療年齡越小，改善程度越明顯，目前尚沒有特效藥用來治療自閉癥，但下列藥物具有改善癥狀的作用，包括：
1、抗精神病藥
常用氟哌啶醇、硫利噠嗪、舒必利。前兩者可減輕多動、沖動、自語、自傷和刻板行為，穩定患兒情緒;舒必利則可改善孤僻、退縮，使患兒活躍、言語量增多，并改善情緒。以上藥物均需從小量開始服用，根據癥狀改善情況和藥物不良反應逐漸加量。目前尚有報道利培酮、奧氮平、喹硫平、阿立哌唑也可改善該癥的部分癥狀，但此方面有待于進一步研究和探討。
2、抗抑郁藥
該類藥可改善該癥的刻板重復行為，改善情緒，并緩解強迫癥狀。可選用氯丙帕明、舍曲林、氟伏沙明等。該類藥也應從小量開始服用，根據癥狀改善情況和藥物不良反應逐漸加量。
3、中樞興奮藥或可樂定適用于伴有注意障礙及多動癥狀的患兒。
4、改善和促進腦細胞功能藥同精神發育遲滯中有關內容。
5、維生素B6和鎂劑有研究報道大劑量維生素B6和鎂劑可能改善該癥的部分癥狀，但此方面有待于進一步研究和確定。