肉眼檢查：依據典型皮損形態進行判斷

分子生物學檢查：用PCR方法檢測人乳頭狀病毒(HPV)。

細胞學檢查：一般適用于女性陰道內病變，取陰道宮頸等組織涂片，做巴氏染色，可見到空泡化細胞及角化不良細胞。

輔助檢查(實驗室檢查)：根據皮疹特點、發病部位，結合病史一般診斷不難。必要時可做醋酸白試驗、細胞學檢查、組織病理學檢查協助診斷。

組織病理學活檢：鏡下主要可見有假上皮瘤樣增生，顆粒層和棘細胞上部有明顯空泡變性;有真皮水腫，毛細血管擴張，周圍中等度慢性炎性細胞浸潤。其特征性病理變化是空泡狀細胞。

醋酸白試驗： 即用5%醋酸溶液外搽或濕敷患處，3~5分鐘后，病灶局部變白且境界清楚者為陽性。其機制可能是被HPV感染的上皮細胞角蛋白在上皮內表達增加，易被醋酸凝固而發白。臨床實踐中，少數大型醫院已經將醋酸白試驗作為尖銳濕疣常規必需要做的檢查，其目的一方面是為了診斷，另一方面是為了標示臨床感染及亞臨床感染病灶，有一定的定位功能，以盡可能徹底地清除病灶。但在大部分醫院不作為常規使用。

光動力定位診斷：是尖銳濕疣診斷的最前沿進展，其基本原理是利用短波長的激發光，激發蓄積光敏劑的病灶細胞產生紅光，從而與正常組織相區別。操作時先用10~20%的鹽酸氨酮戊酸水溶液濕敷患處，2-4小時后用短波長的光(一般采用400-410nm的波長)照射，病灶部位就會呈紅色。其優點是不但能夠顯示臨床病灶及亞臨床感染，還能夠顯示潛伏感染部位，因而，其意義不僅在于診斷，還有定位指導臨床治療的意義。

鑒別診斷：以下疾病在皮損的狀態上與尖銳濕疣有相似之處，容易造成臨床誤診，需要與尖銳濕疣鑒別。

1，皮脂腺異位癥：發生于陰莖龜頭、陰唇粘膜的針頭大小、孤立、無重疊生長的黃白色小丘疹，無自覺癥狀。

2，扁平濕疣： 為二期梅毒的一種表現，皮損為浸潤、光滑的扁平狀隆起，無蒂，損害內可查到梅毒螺旋體，梅毒血清學反應陽性。

3，陰莖珍珠狀丘疹病：青壯年多見，表現為沿冠狀溝排列的珍珠狀、白色或淡紅色的圓錐狀、球形或不規則的半透明丘疹，互不融合，無自覺癥狀。

4，生殖器癌：多見于中年后，呈外向性生長向深部浸潤明顯，可形成潰瘍并發感染，性質堅硬，易出血，有惡臭，組織病理可見細胞間變、無空泡細胞。

5，鮑溫樣丘疹病：本病為原位癌，主要與HPV16感染有關。表現為多發性暗紅色或棕紅色小丘疹，散在分布或群集排列成線狀或環狀，發展緩慢，組織學上類似鮑溫病樣改變。

6，假性濕疣(又稱絨毛狀小陰唇)：青年女性小陰唇內側出現群集不融合的魚卵樣小丘疹，部分呈絨毛狀，粘膜色或淡紅色，表面光滑無自覺癥狀，觸之有顆粒感或柔軟感，多有白帶增多等癥狀，與長期陰道分泌物刺激有關。組織病理變化為慢性炎癥表現，缺乏特異性空泡細胞等改變。醋酸白試驗陰性。

以上病變有些是比較嚴重的疾病，比如生殖器癌、鮑溫樣丘疹病，按照臨床的診療常規是需要首先進行排除的;有些是全身疾病的局部表現，比如扁平濕疣，如果誤診會錯過治療時機而造成嚴重后果;而有些病變屬于良性病變亦不屬于性傳播性疾病，不需要特殊的處理，如假性濕疣等，但是有些個體診所為了追求經濟利益，隱瞞患者真實的病情，給患者造成極大的心理負擔和經濟負擔，有的患者在個體診所花費數萬甚至十數萬治療所謂的“花柳病”。但是這樣的疾病在正規醫院經過常規治療會獲得很好的預后，費用也不會如此驚人。