尖銳濕疣的疾病特征與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器鮑溫樣丘疹病等病的病征非常相似，所以在疾病判斷上會造成一定難度，那么，如何鑒別尖銳濕疣呢?這就要分析一下各種疾病癥狀之間的差異之處。
(1)生殖器部位癌 皮損較硬，邊界不清，鱗狀上皮瘤有明顯的向深部浸潤，常形成潰瘍，有時應進行病理組織學檢查。尖銳濕疣一般呈乳頭狀生長，病變淺表，很少浸潤面。
(2)扁平濕疣 為梅毒二期皮疹。扁平濕疣多發生于肛周及外生殖器周圍，基底寬，無蒂，外觀扁平，疣面潮濕、光滑。暗視野顯微鏡檢查可找到梅毒螺旋體，梅毒血清反應為陽性。詳見梅毒部分。
(3)假性濕疣 又稱女性絨毛狀小陰唇，在成年女性的小陰唇內側上出現魚卵狀或細小絨毛狀、排列規則的增生物，互不融合，長期不變，醋酸白試驗陰性。
(4)生殖器鮑溫樣丘疹病 本病較少見，主要與人類乳頭瘤病毒16型感染有關。表現為生殖器部位多發性棕紅色小丘疹，直徑2～10mm。臨床上很像尖銳濕疣，但組織學上類似鮑溫病的改變。作出這一診斷必須是專科醫師。
(5)珍珠樣丘疹病(珍珠狀陰莖丘疹病) 發生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹。米粒大小、圓頂、平滑，互不融合，長期不變。
(6)皮脂腺異位癥：丘疹在粘膜內無重疊生長，多為淡黃色。
(7)傳染性軟疣：單個不融合的皮色半球形丘疹，周圍光滑，中央可擠出軟疣小體。
(8)軟下疳：外生殖器皮膚損害為不規則形潰瘍，伴痛性橫痃。潰瘍面滲出物涂片可能查到杜克雷桿菌。