很多傳染性疾病與尖銳濕疣相似，因為尖銳濕疣的病發位置不同，某些尖銳濕疣的病發位置更是難以診斷，那么尖銳濕疣的要怎么診斷呢?
1.絨毛狀小陰唇 又名假性濕疣，好發于年輕女性的小陰唇內側、陰道前庭和尿道口周圍，呈對稱密集分布的直徑1～2mm白色或淡紅色小丘疹，表面光滑，有些可呈絨毛狀、魚子狀或息肉狀。無明顯自覺癥狀，偶有瘙癢。醋酸白試驗陰性。
2.珍珠狀陰莖丘疹 皮疹位于龜頭的冠狀溝緣部位，可見珍珠狀、圓錐狀或不規則形的白色、黃白色或膚色丘疹，可為半透明，表面光滑，質較硬，丘疹間彼此互不融合，沿冠狀溝規則地排列成一至數行。醋酸白試驗陰性。
3.皮脂腺異位癥 龜頭、包皮內或小陰唇等部位可見粟粒大小、孤立而稍隆起、成群或成片的黃白色或淡黃色丘疹，無自覺癥狀。組織學特征為每個丘疹均由一組小的成熟的皮脂腺小葉組成，小葉包繞皮脂腺導管。醋酸白試驗陰性。
4.陰莖系帶旁丘疹性纖維瘤 為對稱發生于陰莖系帶兩旁的白色或黃白色的粟粒大小的丘疹，單個或數枚，質軟，表面光滑，互不融合。根據病史以及醋酸白試驗陰性可與尖銳濕疣鑒別。
5.光澤苔蘚 為發生于陰莖干部位的、發亮的多角形或圓形的平頂丘疹，針尖至粟粒大小，可密集分布但互不融合。其病理學改變具有特征性。
6.扁平濕疣 屬二期梅毒疹，為發生于生殖器部位的丘疹或斑塊，表面扁平而潮濕，也可呈顆粒狀或菜花狀，暗視野檢查可查到梅毒螺旋體，梅毒血清學反應陽性。
7.鮑溫樣丘疹病 皮損為灰褐色或紅褐色扁平丘疹，大多為多發，呈圓形或不規則形，丘疹表面可呈天鵝絨樣外觀，或輕度角化呈疣狀。男性多好發于陰莖、陰囊和龜|頭，女性好發于小陰唇及肛周。一般無自覺癥狀。組織病理學檢查有助于鑒別。
8.汗管瘤 表現為小而硬固的膚色或棕褐色丘疹，直徑約數毫米，多發，通常無自覺癥狀。醫學組織病理檢查可確診。