臨床及胸片常不能診斷。然而，胸部CT發現胸內淋巴結腫大高度提示結核。結核性淋巴結中央低密度，為干酪性壞死，有邊緣造影強化。
痰檢是首先及最好的診斷方法。痰培養在85%～100%病人中陽性，但需3～6周時間。涂片陽性率30%～90%。未能診斷主要是未考慮結核及痰標本不合適。正在研究用PCR診斷結核。如痰涂片陰性，可用支氣管鏡。TBBx可顯示部分結構病人是肉芽腫，可快速診斷。BAL培養、洗刷、TBBx增加了結核的檢出率。
出現胸水時，90%病例培養陽性，涂片陽性率為15%，也有報告胸膜活檢。血培養在晚期HIV感染病人陽性率為40%。尿、大便、骨髓的培養也有用。